Aplicación de la secuenciación masiva y la bioinformática al diagnóstico microbiológico clínico / Bioinformatics of next generation sequencing in clinical microbiology diagnosis

Resumen La aparición de secuenciadores masivos que permiten leer en paralelo de millones a miles de millones de secuencias o fragmentos del ADN (reads) ha revolucionado la microbiología, la cual ha pasado de un ámbito exclusivamente laboratorial a uno computacional, con la aplicación ineludible de la bioinformática. La posibilidad de efectuar estudios de la microbiota, el microbioma y el metagenoma de una muestra clínica de manera rápida y a un coste reducido permite avanzar más rápidamente en el diagnóstico de enfermedades, en el conocimiento de la taxonomía y la epidemiología de los agentes involucrados, así como de su virulencia. También posibilita la realización de estudios de genómica comparada y el descubrimiento de genes o variantes de interés, lo que puede llevar a que enfermedades tradicionalmente consideradas como de carácter no microbiano sean asociadas a la presencia de microrganismos. En esta revisión se aclara la terminología usada en este campo, y se describen las principales tecnologías de secuenciación y su utilidad en el análisis microbiano. Asimismo, se señalan diversos programas de código libre, pipelines de análisis, bases de datos y plataformas web que permiten que la bioinformática se integre exitosamente al ámbito de la microbiología clínica y al estudio de las enfermedades infecciosas.

Abstract Massive parallel sequencing (High-Throughput Sequencing [HTS]) allows to read millions or billions of DNA sequences or fragments (reads) in parallel and is revolutionizing microbiology research, moving from laboratory methods to computed-assisted analyses, with the compelling use of Bioinformatics. The time and cost reduction in studies on the microbiota, microbiome and metagenome, allows to rapidly progress in diagnosis, taxonomy, epidemiology, comparative genomics, virulence, discovery of genes or variants of interest and the association of microorganisms with traditionally considered non-microbial diseases. In this review, the terminology, the sequencing technologies and their applications are described for microbial analysis using open-source bioinformatics software, analysis pipelines, databases and web platforms that allow a user-friendly bioinformatics approach affordable by the clinical microbiologist and infectious disease practitioners.

Anthropometric values of spanish beach volleyball players in relation to sports performance level / Valores antropométricos de jogadores espanhóis de vôlei de praia em relação ao nível de rendimento esportivo / Valores antropométricos de jugadores españoles de vóleibol de playa con relación al nivel de rendimiento deportivo

ABSTRACT Introduction Since its debut at the 1996 Atlanta Olympics, beach volleyball has grown on the international sports scene. An extensive collection of data from several countries and levels of competition will provide a database that can be used to characterize beach volleyball players and define references for training stages. Objective The purpose of this study was to describe and compare the anthropometric profiles of Spanish male and female beach volleyball players at different levels of competition in relation to sports performance. Methods The sample comprised 150 players participating in the 2011 Spanish Beach Volleyball Championships (Under 19, Under 21, and Senior categories). Using the ranking provided by the Royal Spanish Volleyball Federation, the subjects were distributed by performance level (level 1: players ranked first to fourth; level 2: players ranked fifth to ninth; and level 3: players ranked tenth to seventeenth). The study comprised a group of male players, with 18 level 1 ( M1 ), 39 level 2 ( M2 ), and 22 level 3 players ( M3 ), and a group of female players, with 18 level 1 ( F1 ), 41 level 2 ( F2 ), and 12 level 3 players ( F3 ). Results The top level male sample ( M1 ) had a significantly lower average age (19.33 years) than the men's international elite players (30 years). The top Spanish players of both genders had much lower values for height and body weight than the international elite players. Conclusions Height and fat component are responsible for the differences between top and lower level beach volleyball players, for both men and women. Moreover, as the level of performance increases, players are taller and have a lower fat component. In view of the data observed in this study, the talent selection process in Spanish beach volleyball should aim to select taller individuals than at present. Level of evidence III; Therapeutic studies-Investigating the results of treatment.

RESUMO Introdução Desde sua estréia nas Olimpíadas de Atlanta em 1996, o vôlei de praia cresceu internacionalmente. Uma abrangente coleta de dados de diferentes países e níveis de competição fornecerá um banco de dados que pode ser utilizado para caracaterizar os jogadores de volêi de praia e definir referências para as etapas do treinamento. Objetivo O propósito desse estudo consiste em descrever e comparar os perfis antropométricos de jogadores e jogadoras espanhóis de vôlei de praia, de diferentes níveis de competição, em relação ao rendimento esportivo. Métodos A amostra compreendeu 150 jogadores participantes do Campeonato Espanhol de Vôlei de Praia de 2011 (categorias Sub-19, Sub-21 e Sênior). Ao usar o ranking fornecido pela Real Federação Espanhola de Voleibol, os jogadores foram distribuídos através de níveis de rendimento (nível 1: jogadores entre o primeiro e quarto colocado; nível 2: entre o quinto e nono colocado e nível 3: a partir do décimo até o décimo-sétimo colocado). O estudo incluiu um grupo de 18 jogadores do nível 1 (M1), 39 do nível 2 (M2) e 22 do nível 3 (M3) e 18 jogadoras do nível 1 feminino (F1) , 41 do nível 2 (F2) e 12 do nível 3 (F3). Resultados A amostra masculina de alto nível (M1) apresentou uma idade média significativamente menor (19,33 anos) do que os jogadores da elite internacional (30 anos). A estatura e o peso corporal dos jogadores espanhóis de nível mais alto, em ambos os sexos, apresentaram valores inferiores aos apresentados pelos jogadores da elite internacional. Conclusão A altura e o componente de gordura são responsáveis pelas diferenças entre os jogadores de vôlei de praia de alto nível e nível inferior, tanto para homens quanto para mulheres. Além disso, quanto mais alto o nível de rendimento, maior a estatura e menor o componente de gordura. Considerando-se os dados observados no estudo, o processo de seleção de talentos no vôlei de praia espanhol deve priorizar a seleção de indivíduos mais altos do que atualmente. Nível de evidência lll; Estudos terapêuticos-Investigação dos resultados do tratamento.

RESUMEN Introducción Desde su estreno en las Olimpíadas de Atlanta en 1996, el Vóleibol de Playa creció internacionalmente. Una amplia colecta de datos de diferentes países y niveles de competición proveerá un banco de datos que puede ser utilizado para caracterizar a los jugadores de vóleibol de playa y definir referencias para las etapas del entrenamiento. Objetivo El propósito de este estudio consiste en describir y comparar los perfiles antropométricos de jugadores y jugadoras españoles de Vóleibol de Playa, de diferentes niveles de competición, con relación al rendimiento deportivo. Métodos La muestra comprendió a 150 jugadores participantes del Campeonato Español de Vóleibol de Playa de 2011 (categorías Sub-19, Sub-21 y Sénior). Al usar el ranking suministrado por la Real Federación Española de Vóleibol, los jugadores fueron distribuidos a través de niveles de rendimiento (nivel 1: jugadores entre el primero y el cuarto colocado; nivel 2: entre el quinto y el noveno colocado; y nivel 3: a partir del décimo hasta el décimo-séptimo colocado). El estudio incluyó a un grupo de 18 jugadores de nivel 1 (M1), 39 del nivel 2 (M2) y 22 del nivel 3 (M3) y 18 jugadoras del nivel 1 femenino (F1), 41 del nivel 2 (F2), y 12 del nivel 3 (F3). Resultados La muestra masculina de mayor nivel (M1) presentó una edad promedio significativamente menor (19,33 años) que los jugadores de la élite internacional (30 años). La estatura y el peso corporal de los jugadores españoles de nivel más alto, en ambos sexos, presentaron valores inferiores a los presentados por los jugadores de la élite internacional. Conclusión La altura y el componente de grasa son responsables por las diferencias entre los jugadores de vóleibol de playa de alto nivel y nivel inferior, tanto para hombres como para mujeres. Además, cuanto más alto el nivel de rendimiento, mayor la estatura y menor el componente de grasa. Considerándose los datos observados en el estudio, el proceso de selección de talentos en el Vóleibol de Playa español debe priorizar la selección de individuos más altos que los que hay actualmente. Nivel de evidencia III; Estudios terapéuticos-Investigación de los resultados del tratamiento.

Effects of eccentric exercise in pressure pain threshold in subjects with functional ankle equinus condition

SUMMARY Stretching exercises are widely used by the population before sporting activities. One of the most common technique is eccentric exercise. Here, we made a clinical examination of 98 subjects with equinus condition before activity and after 30 min of running (49 participants with previous eccentric exercise and 49 with no previously eccentric exercise). The clinical assessment of the Achilles tendon was based on the pressure pain threshold (PPT). We identified significant PPT changes between the previous eccentric stretching and the non-previous eccentric stretching group in the Achilles tendon evaluations. Based on our findings, we propose that subjects with equinus condition could use eccentric stretching in order to improve the Achilles tendon status.

RESUMO Exercícios de alongamento são amplamente utilizados pela população antes da atividade esportiva. Uma das técnicas mais comuns é o exercício excêntrico. Aqui, fizemos um exame clínico de 98 indivíduos com condição de pé equino antes da atividade e após 30 minutos de corrida (49 corredores com exercício excêntrico anterior e 49 sem exercício excêntrico anterior). A avaliação clínica do tendão de Aquiles foi baseada no limiar de dor à pressão (PPT). Identificamos modificações significativas no PPT entre alongamentos prévios excêntricos e nenhum exercício anterior excêntrico de alongamento para as avaliações do tendão de Aquiles. Com base em nossos achados, propomos que sujeitos com condição de pé equino poderiam fazer alongamentos com exercícios excêntricos para melhorar o status do tendão de Aquiles.

Proprioceptive Stabilizer™ training of the abdominal wall muscles in healthy subjects: a quasi-experimental study

SUMMARY The present quasi-experimental study aimed to assess the transversus abdominis (TrA), internal oblique (IO) and external oblique (EO) thickness in healthy subjects with the proprioceptive Stabilizer™ training in abdominal wall muscles. A sample of 41 healthy participants (age: 31.9 ± 4.5 y; height: 1.7 ± 0.1 m; weight: 68.3 ± 13.1 kg; body mass index, BMI: 22.9 ± 2.7 kg/m2) were recruited to participate in this study. Ultrasound images of the EO, IO, TrA, rectus anterior (RA) and interrecti distance (IRD) were measured and analyzed by the ImageJ software. Measurements were made at rest and during the abdominal drawing-maneuver (ADIM) developed by the patients with the Stabilizer™ located in the low back holding 40 mmHg for 10 seconds with a visual stimulus provided by a circular pressure marker. Ultrasound measurements for the abdominal wall muscles showed statistically significant differences (Π < .05) for a thickness decrease of the EO, IO and a thickness increase of TrA. A proprioceptive Stabilizer™ training produced a thickness increase in TrA muscle and a thickness decrease in EO and IO muscles in healthy subjects. These findings suggest that a proprioceptive Stabilizer™ training could be useful in individuals with low back pain and lumbopelvic pain.

RESUMO O objetivo do presente estudo foi avaliar o transverso abdominal (TrA), o oblíquo interno (OI) e a espessura oblíqua externa (EO) em indivíduos saudáveis com o treinamento proprioceptivo Stabilizer™ nos músculos da parede abdominal. Uma amostra de 41 participantes saudáveis (idade: 31,9±4,5 y, altura: 1,7±0,1 m; peso: 68,3±13,1 kg; índice de massa corporal, IMC: 22,9±2,7 kg / m2) foram recrutados para participar deste estudo. As imagens de ultrassom do EO, IO, TrA, reto anterior (RA) e distância interrecti (IRD) foram medidas e analisadas pelo software ImageJ. As medidas foram feitas em repouso e durante a manobra de desenho abdominal (Adim) desenvolvida pelos pacientes com o StabilizerTM localizado na parte inferior das costas segurando 40 mmHg por 10 segundos com um estímulo visual fornecido por um marcador de pressão circular. As medidas de ultrassom para os músculos da parede abdominal apresentaram diferenças estatisticamente significativas (P<0,05) para uma diminuição da espessura do EO, IO e um aumento de espessura do TrA. Um treinamento proprioceptivo Stabilizer™ produziu um aumento de espessura no músculo TrA e uma diminuição da espessura nos músculos EO e IO em indivíduos saudáveis. Esses achados sugerem que um treinamento de Stabilizer™ proprioceptivo poderia ser útil em indivíduos com dor lombar e dor lombo-pélvica.

Ultrasonography features of abdominal perimuscular connective tissue in elite and amateur basketball players: an observational study

SUMMARY The purpose of this study was to assess and compare with rehabilitative ultrasound imaging (RUSI) the perimuscular connective tissue (PMCT) and interrecti distance (IRD) between elite and amateur basketball players. A sample of 22 healthy basketball players was included and divided into two groups: elite basketball players from Spanish 1st division (n = 11) and amateur basketball players from an entertainment Spanish division (n = 11). Ultrasound images of the external oblique (EO), internal oblique (IO), transversus abdominis (TrAb), rectus anterior (RA) and IRD PMCT were measured and analysed by the ImageJ software. Measurements of abdominal wall muscles PMCT present statistically differences (P < .05) for an increase of perimuscular connective tissue of external oblique (PMCTEO), perimuscular connective tissue of transversus abdominis (PMCTTA) of the left side and an increase of PMCTEO on the right side in favor of the elite group. Rather, the study showed statistically differences (P < .05) for a decrease of perimuscular connective tissue between the internal oblique and transversus abdominis (PMCTIO-TA), and a decrease in PMCT total summation of the left side with elite group in respect to amateur group. This study reported an increase of left PMCTEO, left PMCTTAA, right PMCTEO as well as a decrease of left PMCTIO-TA and in PMCT total summation on the left side.

RESUMO O objetivo deste estudo foi avaliar e comparar com ultrassonografia de reabilitação (IUR) o tecido conjuntivo perimuscular da parede abdominal (PMPA) e interrecti distância (IRD) entre elite e jogadores de basquete amadores. Uma amostra de 22 jogadores de basquete saudáveis foi incluída e dividida em dois grupos: jogadores de basquete de elite da 1ᵃ divisão espanhola (n=11) e jogadores de basquete amadores de uma divisão de entretenimento espanhol (n=11). As imagens de ultrassom do oblíquo externo (OE), oblíquo interno (OI), transverso abdominal (TrAb), recto anterior (RA) e IRD PMPA foram medidas e analisadas pelo software ImageJ. Medições dos músculos da parede abdominal O PMPA apresentam diferenças estatisticamente (P<0,05) para o aumento do tecido conjuntivo perimuscular de oblíquo externo (PMOE), tecido conjuntivo perimuscular de transverso abdominal (PMTA) do lado esquerdo e aumento do PMOE do lado direito a favor do grupo de elite. Em vez disso, o estudo mostrou diferenças estatisticamente (P<0,05) para uma diminuição do tecido conjuntivo perimuscular entre o oblíquo interno e transverso abdominário (PMOI-TA) e uma diminuição no somatório total de PMTA do lado esquerdo do grupo de elite em relação ao amador grupo. Este estudo relatou um aumento do PMTOE esquerdo, PMTA esquerdo, PMCTOE direito, bem como uma diminuição do PMCTOI-TA esquerdo e no somatório total do PMTA no lado esquerdo.

Orthologous Allergens and Diagnostic Utility of Major Allergen Alt a 1

PURPOSE: Hypersensitivity to fungi is associated with rhinoconjunctivitis and asthma. For some fungi, such as Alternaria alternata (A. alternata), the symptoms of asthma are persistent, increasing disease severity and the risk of fatal outcomes. There are a large number of species of fungi but knowledge of them remains limited. This, together with the difficulties in obtaining adequate standardized extracts, means that there remain significant challenges in the diagnosis and immunotherapy of allergy associated with fungi. The type of indoor fungi related to asthma/allergy varies according to geographic, climatic, and seasonal factors, making their study difficult. The aim of this study was to determine hypersensitivity to indoor fungi in a population from Cuenca, Spain. METHODS: Thirty-five patients with symptoms compatible with rhinitis or asthma who showed clear worsening of their symptoms in their homes or workplace were included. In vivo and in vitro tests were made with a battery of fungal allergens, including the species isolated in the home or workplace. RESULTS: Ulocladium botrytis (U. botrytis) and A. alternata were the most representative species as a source of home sensitization. These species showed very high concordance in skin tests, specific IgE, and histamine release. The allergen Alt a 1, which was recognized in all patients, was detected in A. alternata, U. botrytis, and Stemphylium botryosum (S. botryosum). CONCLUSIONS: U. botrytis and A. alternata were the most representative species as a source of home sensitization. Alt a 1 was recognized in all patients and may be considered a non-species-specific allergen that could be used as a diagnostic source of sensitization to some species of the Pleosporaceae family.